Ochrana prírody
Slovenská časť projektového územia je zahrnutá do viacerých kategórií chránených území národného aj európskeho významu.

Vyhlásená v roku 1998 na území Podunajskej nížiny pozdĺž slovenského a slovensko - maďarského úseku Dunaja od Bratislavy až po Komárno s rozlohou 12 284 ha.
Celé územie CHKO bolo v roku 1993 v rozlohe vyše 14 tisíc hektárov vyhlásené za mokraď medzinárodného významu Dunajské luhy podľa Ramsarského dohovoru.
Maloplošné chránené územia
Národné prírodné rezervácie:
• Ostrov orliaka morského
• Číčovské mŕtve rameno
Prírodné rezervácie:
• Starý háj
• Dunajské ostrovy
• Ostrovné lúčky
• Kopáčsky ostrov
• Gajc
• Topoľové hony
• Zlatniansky luh
Chránené areály:
• Poľovnícky les
• Bajdel
Prírodné pamiatky:
• Panský diel
• Kráľovská lúka
Územia NATURA 2000

Chránené vtáčie územie Dunajské luhy
SKCHVU007
16 511,58 ha
CHVÚ Dunajské luhy je navrhnuté za účelom ochrany hniezdnych populáciíHaliaeetus albicilla, Egretta garzetta, Milvus migrans, Ixobrychus minutus, Larus melanocephalus, Sterna hirundo, Alcedo atthis, Anas querquedula, Tringa totanus, Netta rufina, Anas strepera, Anthus campestris, Ciconia nigra, Circus aeruginosus a Riparia riparia. Je aj významnou migračnou lokalitou pre pravidelne prilietajúcich viac ako 20 000 jedincov a zimoviskom pre viac ako 70 000 jedincov vodného vtáctva.
Územia európskeho významu
SKUEV0064 Bratislavské luhy - 668,23 ha
SKUEV0182 Číčovské luhy - 459,6 ha
SKUEV0183 Veľkolélsky ostrov - 328,65 ha
SKUEV0269 Ostrovné lúčky - 613,56 ha
SKUEV0270 Hrušov - 33,14 ha
SKUEV0293 Kľúčovské rameno - 539,82 ha
SKUEV0295 Biskupické luhy - 869,03 ha
SKUEV0393 Dunaj - 1511,17 ha